Kloštar Ivanić se prvi put spominje potkraj 11.st. kao posjed koji je kralj Ladislav Arpadović darovao tek osnovanoj zagrebačkoj biskupiji; nešto poslije izgrađen je biskupski dvor. God. 1226. zagrebački biskup Stjepan Babonić izgradio je u naselju Crkvu sv. Marije i benediktinski samostan (kloštar), koje su 1242. spalili Tatari; 1246. biskup je obnovio samostan. U 13. st. naselje je dobilo status slobodnog trgovišta (oppidum Ivanich), što je 1405. potvrdio kralj Sigismund Luksemburgovac.
Zagrebački biskup Luka Baretin podignuo je na početku 16. st. Crkvu sv. Ivana Krstitelja i uz nju novi samostan, u koji su se 1508. uselili franjevci. Godine 1549. samostan je bio napušten zbog osmanlijske prijetnje, a s povratkom franjevaca 1639. ponovno je obnovljen (teško oštećen 1944.). Do 1703. naselje je bilo u sastavu Vojne krajine, isprva pod kraljevom upravom, a potom pod upravom hrvatskog bana.